La Junta Estatal Ejecutiva está integrada por la Consejera Presidenta, el Secretario Ejecutivo, las Directoras y Directores Ejecutivos de: Organización Electoral; Capacitación Electoral y Educación Cívica; Equidad de Género y Participación Ciudadana; Prerrogativas y Partidos Políticos; Jurídica; y de Administración. La Junta Estatal Ejecutiva se encarga de proponer al Consejo las políticas y programas generales del Instituto, así como fijar los procedimientos administrativos, entre otras tareas.